潛山市農業科學研究所前身是潛山縣種質資源示范場，后期整合了潛山縣瓜蔞選育試驗場、農產品檢測站、農業機械設計室等機構，2019年4月24日，潛山市農業科學研究推進產學研成果參加安徽省科技成功轉化交易會，省委書記、省人大常委會主任李錦斌，省委副書記、省長李國英，中國工程院黨組書記、院長李曉紅，中國科學院副院長相里斌，中國工程院副院長鐘志華，中國社科院原副院長、發展實驗室理事長李揚，省委副書記信長星，省委常委、常務副省長鄧向陽，省委常委、合肥市委書記宋國權，省人大常委會副主任沈素琍見證簽約，潛山市引入安徽科技學院團隊，成功改制，正式登記名稱為潛山市農業科學研究所。

潛山市農業科學研究所作為一家社會公益型新型研發機構，橫向合作單位有中國熱帶農業科學院、江南大學、海南大學、安徽省農業科學院、安徽省循環經濟研究院、安徽農業大學、北京中合金諾認證中心。

潛山市農業科學研究所內設綜合管理辦公室、產學研合作指導科、科技產業管理科、財務科。下設12個試驗站（場），試驗示范基地面積超過2.3萬畝，并通過技術成果轉化的方式參與投資4個產業經營公司。

潛山市農業科學研究所現有職工23人，其中技術人員16人，技術人員中有職稱占比60%以上，享受國務院特殊津貼專家1人，主持過省部級項目5人。

瓜蔞是潛山市首位產業也是潛山市農業科學研究所重點突出的產品技術研究方向；研究瓜蔞種植技術。目前，研究所擁有瓜蔞種子培育實驗室600㎡,新品種培育平臺1個，連棟育苗溫室20畝，瓜蔞種植基地430畝，大量應用水機一體化技術，采用機械化收貨、集運是潛山瓜蔞的標桿。